Источник данных является источником данных. Это может быть, например, база данных.
Один из вариантов, если вам нужно несколько источников данных, это определить их в файле persistence.xml. Здесь вы можете определить несколько и разделить их по имени.
@ PersistenceContext даст вам более детальную информацию о том, что вы хотите ввести. Здесь вы можете выбрать источник данных по определенному имени. Есть и другие варианты.
https://docs.oracle.com/javaee/7/api/javax/persistence/PersistenceContext.html
Если вы используете @Autowire, вы просто вводите доступный контекст персистентности по имени бина. Если у вас есть 2 или более постоянных контекста, это может не сработать из-за неоднозначности.