В ImageMagick 6, если два изображения имеют одинаковый размер, вы можете просто сгладить прозрачное изображение поверх фонового изображения.
Фон (lena.jpg):
Прозрачный (logo_crop_trans.png):
convert lena.jpg logo_crop_trans.png -flatten lena_logo.jpg
Если вы используете ImageMagick 7, измените конвертацию на магическую.
Если вы хотите сглаживать прозрачное изображение, чтобы оно не было неровным, используйте размытие для сглаживания контура (синтаксис Unix):
convert lena.jpg \( logo_crop_trans.png -channel a -blur 0x1 -level 50x100% +channel \) -compose over -composite lena_logo2.jpg
Если в Windows убрать \ перед круглыми скобками.