Алгоритмы шифрования безопасны: главная проблема с использованием шифрования для безопасности - это безопасное управление ключами.
Скрытие ключей в исполняемом файле приложения никогда не было безопасным, но, вероятно, верно сказать, что их будет легче найти в управляемом исполняемом файле, используя инструмент, такой как Reflector, чем в традиционном неуправляемом исполняемом файле.
Шифрование файла конфигурации может быть полезно на сервере. Например, если вы шифруете web.config с использованием DPAPI с помощью ключа компьютера, дешифровать его смогут только те пользователи, которые могут войти на сервер или имеют доступ на запись на диск сервера:
Любой, у кого есть доступ на чтение к диску сервера по сети или доступ к резервной копии каталога приложения, не сможет его расшифровать.