Согласно документам , npm prune используется для очистки node_modules от посторонних пакетов с добавленной функциональностью удаления зависимостей dev при переключении на производство, так что нет, это не кажется настраивается для выполнения такой задачи.
Вы можете определить собственный скрипт в package.json, который будет удалять папки и вызывать npm prune после.