С этой строкой:
z[i]=x[i].replaceAll("S","A");
Вы сохраняете изменения в z[i]
. Тогда с этой строкой:
z[i]=x[i].replaceAll("E","S");
вы перезаписываете предыдущие изменения в z[i]
новыми.
И, наконец, с этой строкой:
z[i]=x[i].replaceAll("A","E");
вы снова перезаписываете предыдущие изменения в z[i]
.
Таким образом, если ваша исходная строка SEES
, то последняя строка заменит все A
s на E
s, и, поскольку в SEES
нет A
, строка остается неизменной.