Ваша форма добавлена в качестве дочернего элемента панели управления1, которая является дочерней по отношению к основной форме со значением непрозрачности по умолчанию = 1.
Чтобы увидеть непрозрачность на работе, попробуйте это:
private void button1_Click(object sender, EventArgs e)
{
Form fr = new Form();
fr.FormBorderStyle = FormBorderStyle.None;
fr.BackColor = Color.Blue;
fr.TopLevel = false;
//fr.Opacity = 0.5;
this.Opacity = 0.5; // add this
this.panel1.Controls.Add(fr);
fr.Show();
}
Думаю, вы хотите, чтобы панель выглядела полупрозрачной, вам нужно использовать другой метод и работать с самой формой.