Это потому, что вы пытаетесь инициализировать новый репозиторий внутри существующего репозитория.
Если вы поставили свой домашний каталог под контроль версий, это означает, что все подпапки принадлежат хранилищу этой домашней папки.
Схематически это выглядит так:
-- Home
|-- Desktop
| |-- Project
| |-- .git (new repository for Project inside repository for Home)
|-- Documents
...
|-- Pictures
|-- .git (the repository for whole home directory)
Поэтому следует учитывать, что в этой ситуации программа работает нормально, потому что, как мне кажется, такая вложенная схема контроля версий недействительна.