Я не думаю, что вы можете надежно удалить jar, поскольку классы могут быть разрешены во время выполнения, например используя
Class.forName(className);
Возможно, вы сможете определить имена классов, использованные для вышеперечисленного, но это маловероятно.
Поскольку классы будут запрашиваться / разрешаться во время выполнения, вы можете запустить свой (всеобъемлющий) набор тестов, чтобы определить, все ли еще работает. Но в конечном итоге я бы очень осторожно удалил банки из упаковки, такой как Axis. Я предполагаю, что они там с целью. Является ли размер файла JAR действительно проблемой?