В файле справки функции pdf_document
пакета Rmarkdown CRAN указано, что функция определена с помощью следующих параметров:
pdf_document(toc = FALSE, toc_depth = 2, number_sections = FALSE,
fig_width = 6.5, fig_height = 4.5, fig_crop = TRUE,
fig_caption = TRUE, dev = "pdf", df_print = "default",
highlight = "default", template = "default", keep_tex = FALSE,
latex_engine = "pdflatex", citation_package = c("none", "natbib",
"biblatex"), includes = NULL, md_extensions = NULL,
pandoc_args = NULL, extra_dependencies = NULL)
У меня сложилось впечатление, что я мог бы добавить любой из этих аргументов в качестве параметров в pdf_document в разделе вывода заголовка YAML в моем документе Rmarkdown. Это правильно? Документ удалось скомпилировать, когда я использовал следующие параметры / аргументы pdf_document: toc
, number_sections
, fig_caption
, df_print
и keep_tex
. Однако, когда я добавляю citation_package
в список, я получаю ошибку при компиляции. Например, рассмотрим следующий шаблон Rmarkdown документа.
---
title: "Untitled"
author: "Unknown"
date: "4/18/2019"
output:
pdf_document:
# toc: true
number_sections: true
fig_caption: true
df_print: kable
keep_tex: true
citation_package: biblatex
bibliography: sample_bib.bib
csl: /Users/Shared/Zotero/styles/multidisciplinary-digital-publishing-institute.csl
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
## R Markdown
I love R [@rcoreteamLanguageEnvironmentStatistical2018].
Упомянутый sample_bib.bib
- это файл bib, который выглядит как
@software{rcoreteamLanguageEnvironmentStatistical2018,
location = {{Vienna, Austria}},
title = {R: {{A Language}} and {{Environment}} for {{Statistical Computing}}},
url = {https://www.R-project.org/},
version = {3.5.1},
organization = {{R Foundation for Statistical Computing}},
date = {2018},
author = {{R Core Team}}
}
Однако мне не удалось связать этот документ Rmarkdown. Я получил следующую ошибку.
/usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS rmarkdown_pdf_document.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output rmarkdown_pdf_document.tex --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --number-sections --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --biblatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' --variable 'compact-title:yes'
output file: rmarkdown_pdf_document.knit.md
INFO - This is Biber 2.7
INFO - Logfile is 'rmarkdown_pdf_document.blg'
INFO - Reading 'rmarkdown_pdf_document.bcf'
INFO - Found 1 citekeys in bib section 0
INFO - Processing section 0
INFO - Looking for bibtex format file 'sample\_bib.bib' for section 0
ERROR - Cannot find 'sample\_bib.bib'!
INFO - ERRORS: 1
Error: Failed to build the bibliography via biber
Execution halted
Warning message:
LaTeX Warning: Citation 'rcoreteamLanguageEnvironmentStatistical2018' on page 1
undefined on input line 137.
LaTeX Warning: Empty bibliography on input line 169.
Package rerunfilecheck Warning: File `rmarkdown_pdf_document.out' has changed.
(rerunfilecheck) Rerun to get outlines right
(rerunfilecheck) or use package `bookmark'.
LaTeX Warning: There were undefined references.
LaTeX Warning: Label(s) may have changed. Rerun to get cross-references right.
Package biblatex Warning: Please (re)run Biber on the file:
(biblatex) rmarkdown_pdf_document
(biblatex) and rerun LaTeX afterwards.
К счастью, эту проблему легко решить, переместив «citation_package» из опции в pdf_document в отдельную строку в заголовке YAML. Или:
---
title: "Untitled"
author: "Unknown"
date: "4/18/2019"
output:
pdf_document:
# toc: true
number_sections: true
fig_caption: true
df_print: kable
keep_tex: true
citation_package: biblatex
bibliography: sample_bib.bib
csl: /Users/Shared/Zotero/styles/multidisciplinary-digital-publishing-institute.csl
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
## R Markdown
I love R [@rcoreteamLanguageEnvironmentStatistical2018].
После вязки этого скорректированного документа Rmarkdown, в результате получается pdf_document.
Итак, мой вопрос: Прав ли я, что вы можете добавить любой из аргументов, найденных в файле справки pdf_document в CRAN, в качестве параметров в разделе "pdf_document" в заголовке YAML в файле Rmarkdown? Или, при использовании этого конкретного аргумента / опции citation_package
, может ли это быть возможной ошибкой в функции rmarkdown::pdf_document
()?
ТАКЖЕ РАЗМЕЩЕНО RMARKDOWN GITHUB ; см. дополнительные комментарии.