Вы можете создать Карту параметров и поместить sql в карту, а затем отправить параметры в отчет.sql может быть создан из любой базы данных
Map parameters = new HashMap();
parameters.put("SQL_INPUT", sql);
JasperFillManager.fillReport(reportFile.getPath(), parameters, connection);
в отчете вы создаете параметр с именем SQL_INPUT и заменяете запрос на $ P! {SQL_INPUT}