Ваш код выполняется до того, как целевой элемент существует, поэтому этот селектор ничего не находит:
$('#source')
Вы можете либо выполнить код в конце страницы, либо заключить его в document.ready
обработчик:
$(function () {
$('#source').load('test.md', function() {
var slideshow = remark.create();
});
});