PyCharm запускает скрипт generator3.py
(из <pycharm_installation_folder>\helpers\
) для создания заглушек Python для двоичных модулей, см. ~\.PyCharm<VERSION>\system\python_stubs\...
.Таким образом, IDE сможет показать соответствующее завершение для них.
Есть идея предварительно сгенерировать и связать заглушки для Anaconda с PyCharm, в настоящее время она находится в разработке https://youtrack.jetbrains.com/issue/PY-34604, но это не такеще готов.
Если вам не нужно все из базовой Anaconda - попробуйте среды conda и установите только требования.Таким образом, для IDE будет меньше работы.