Я создаю простой редактор уценок (стиль wysiwyg, пользователь не видит уценки), каковы последствия с точки зрения управления git при использовании ATX или SETEXT, любая рекомендация?
С точки зрения управления Git: очень мало последствий, так как он остается простым текстовым файлом.
Выбор больше зависит от поддержки вашего движка Markdown ( по сравнению здесь ), который вы в конечном итоге получитеиспользуется при чтении этого преобразованного файла уценки.