На всякий случай, если кто-нибудь столкнется с этим сообщением, я просто отметил cvs для полного удаления из Synaptic Package Manager и удалил папку /var/lib/cvs. Пока проблем нет.
Это грубый способ очистки CVS. Лучший подход, который я нашел, это настроить другой репозиторий cvs, используя ту же установку cvs server, как это:
cvs -d /your/new/cvs/repo init
Затем вы можете выборочно перемещать проекты из старого репозитория в новый.
Надеюсь, это поможет.