При переименовании ниже /path/to/folder... обрезается (пример в скобках). Каждые .bam и .bam.bai в этом урезанном каталоге в подпапке bam затем переименовываются, удаляя IonCode_0000_ в начале каждого имени файла, оставляя только уникальный идентификатор. Файлы всегда в парах, то есть всегда будут совпадения .bam и .bam.bai. Код выполняется правильно в ubuntu 14.04, но не в centos 7, поскольку файлы не переименовываются в нужные. Я не уверен, что отличается, поскольку утилита переименования есть в centos 7. Команда выполняется, но переименование не происходит, и файл не изменяется. Спасибо:).
ток
/path/to/folder/R_2019_xx_xx_xx_xx_xx_yyyy_X1-0000-101-v0.6_xxx_xxxxx_xxxxx_xxxxx/bam
IonCode_0000_16-1111-Last,First.bam IonCode_0001_17-0000-L,F-REPEAT.bam
IonCode_0000_16-1111-Last,First.bam.bai IonCode_0001_17-0000-L,F-REPEAT.bam.bai
mv "$RDIR" "${TRIMSTR}" ## trim folder name to (/path/to/folder/R_2019_xx_xx_xx_xx_xx_yyyy_X1-0000-101) --- this is "$TRIMSTR" ---
rename s/"IonCode_[0-9][0-9][0-9][0-9]_"/""/g "$TRIMSTR"/bam/*.bam
rename s/"IonCode_[0-9][0-9][0-9][0-9]_"/""/g "$TRIMSTR"/bam/*.bam.bai
желательно
/path/to/folder/R_2019_xx_xx_xx_xx_xx_yyyy_X1-0000-101/bam
16-1111-Last,First.bam 17-0000-L,F-REPEAT.bam
16-1111-Last,First.bam.bai 17-0000-L,F-REPEAT.bam.bai
Редактировать
rename s/"IonCode_[0-9][0-9][0-9][0-9]_"/""/g IonCode_0000_16-1111-Last,First.bam
rename: not enough arguments
Кажется, здесь ошибка, но каков правильный синтаксис? Это работало в ubuntu.
переименовать -V
переименовать из util-linux 2.23.2
Я не думаю, что s/ поддерживается, и я не уверен, что попробовать, так как я не знаком с этой утилитой.