Я в итоге связался со службой поддержки. Это было их решение, которое я документирую для будущих искателей:
- В главном меню Merge выберите: Araxis Merge> Настройки
- Перейдите к: Сравнение файлов> Шрифты / Цвета
- Для каждого из неизмененных, вставленных, удаленных и измененных:
Нажмите кнопку «Изменить…», измените размер шрифта и закройте панель шрифтов
- Нажмите кнопку ОК.