4096, в вашем примере, это количество байтов, используемых самим каталогом. Другими словами, это пространство, необходимое для хранения списка элементов, содержащихся в каталоге. Это , а не , как предполагает заголовок вопроса, сумма пространства всех элементов, хранящихся в каталоге.
Вы не говорите, какую систему вы используете, но во многих файловых системах UNIX / Linux минимальная единица выделения памяти составляет 4 КБ, поэтому размер отображается как 4096. Записи каталога для двух элементов, плюс "." и ".." должно занимать значительно меньше места.