Да, достаточно подписать только Пакет. Пакет содержит хэши связанных пакетов, чтобы гарантировать, что ничто не повлияет на пакеты во время транспортировки или установки. Bundle действует как файлы каталога для содержащихся в нем файлов.
Наша рекомендация (в общем случае) - , а не не стоит подписывать что-либо, кроме Bundle - если только вы не должны доставлять MSI-файлы напрямую клиентам по какой-либо другой причине (например, развертывания на основе GPO) ).