Если это большой файл, используйте итерацию вместо чтения всех в память
$f = fopen("file","r");
if($f){
while( !feof($f) ){
$line = fgets($f,4096);
if ( (stripos($line,"Alice")!==FALSE) ){
$line=preg_replace("/Alice/","John",$line);
}
print $line;
}
fclose($f);
}