Если вы добавили данные в новый раздел, Glue должен обнаружить их, если схема соответствует.
Вы можете попробовать сделать это вручную с Афиной и посмотреть, работает ли это. Надеюсь, это, по крайней мере, даст вам полезную ошибку.
ALTER TABLE orders ADD
PARTITION (dt = '2016-05-14', country = 'IN') LOCATION 's3://mystorage/path/to/INDIA_14_May_2016'
PARTITION (dt = '2016-05-15', country = 'IN') LOCATION 's3://mystorage/path/to/INDIA_15_May_2016';
источник: https://docs.aws.amazon.com/athena/latest/ug/alter-table-add-partition.html
Вы также можете попробовать загрузить и распечатать схему для обоих разделов и посмотреть, что-то не так?
Без дополнительных подробностей, напр. примеры того, как вы на самом деле разбиваете разделы, я не думаю, что могу помочь намного больше.
Вы должны попытаться придумать более воспроизводимый пример.