Вам нужно ограничение по высоте, также не смешивайте макет кадра с автоматическим макетом, вы должны использовать любой из них
sq1.heightAnchor.constraint(equalToConstant:200).isActive = true
Также, если вы установите ведущий и трейлинг
sq1.leadingAnchor.constraint(greaterThanOrEqualTo: margin.leadingAnchor, constant: 20).isActive = true
sq1.trailingAnchor.constraint(greaterThanOrEqualTo: margin.trailingAnchor, constant: 20).isActive = true
тогда нет необходимости в центреX
sq1.centerXAnchor.constraint(equalTo: margin.centerXAnchor).isActive = true
NSLayoutConstraint.activate([
sq1.topAnchor.constraint(equalTo: margin.topAnchor, constant: 20),
sq1.leadingAnchor.constraint(equalTo: margin.leadingAnchor, constant: 20),
sq1.trailingAnchor.constraint(equalTo: margin.trailingAnchor, constant: -20),
sq1.heightAnchor.constraint(equalToConstant: 200)
])