ENV_VAR=some-value java -jar path/to/theJar.jar
Затем вы можете получить к нему доступ в Java через System.getEnv('ENV_VAR')
В Java вы также можете сделать системные свойства
java -Dsome.system.prop=some-value -jar path/to/theJar.jar
затем вы можете получить доступ к системным реквизитам в коде через System.getProperty('some.system.prop')