Не совсем специалист по файлам MSI, но вы можете добавить веб-сайт с помощью сценариев, используя adsutil.vbs. Бедный способ справиться с этим - попросить установщика удалить файлы в определенном месте, не создавая веб-сайт, а затем запустить более поздний шаг со сценарием, чтобы создать веб-сайт с корневым каталогом в этом месте. Бонусные баллы за то, что вы сделали это необязательным для таких непритязательных администраторов IIS, как я, которые ненавидят установщиков, которые вообще касаются IIS.