ошибка unnest (): «невозможно преобразовать из числа в символ» - PullRequest
Новая
       47

ошибка unnest (): «невозможно преобразовать из числа в символ»

1 голос
/ 07 апреля 2019

Я использовал map () и read_xlsx (), чтобы извлечь некоторые данные (из определенного диапазона в файле Excel) из 36 файлов Excel XLSX в один файл.По сути, я настроил коды из блога. (https://serialmentor.com/blog/2016/6/13/reading-and-combining-many-tidy-data-files-in-R, часть: Хранение вспомогательной информации о прочитанных файлах).

Это сработало очень хорошо.Я могу получить вложенный фрейм данных.Но шаг unnest () не сработал.Я выяснил причину в том, что unnest () не может обрабатывать смесь разных типов.Один столбец является числовым типом в большинстве списков, но столбец является символьным типом в одном списке.поэтому unnest () не может работать.

Можно ли разрешить unnest () преобразовывать все числа в каждом файле в символы, чтобы сработало unnest?если мы не можем позволить unnest сделать это, есть ли другие способы для удаления данных?

система windows , R версия 3.5 версия других подключенных пакетов: 

[1] readxl_1.3.0    forcats_0.4.0   stringr_1.4.0   dplyr_0.8.0.1   
purrr_0.3.1    
[6] readr_1.3.1     tidyr_0.8.3     tibble_2.0.1    ggplot2_3.1.0   
tidyverse_1.2.1

после map () и read_xlsx () :

код: 

file_path <- "files" 
files_name <- dir(path = file_path, pattern = "*.xlsx", all.files =FALSE)
data <- data_frame(filename = files_name) %>% # create a data frame
 # holding the file names
  mutate(file_contents = map(filename,          # read files into
                         ~ read_xlsx(file.path(file_path, .), range = 
"A56:J60")) # a new data column
 ) '

данные: 

> data
># A tibble: 36 x 2
>  filename                   file_contents    
 >  <chr>                      <list>           
>1 JC04Feb19Run003.xlsx       <tibble [4 x 10]>
>2 JC04Feb19Run004.xlsx       <tibble [4 x 10]>
>3 JC06Feb19Run005.xlsx       <tibble [4 x 10]>
>4 JC06Feb19Run006.xlsx       <tibble [4 x 10]>
>5 JC07Feb2019Run007.xlsx     <tibble [4 x 10]>
>6 JC07Feb2019Run008.xlsx     <tibble [4 x 10]>
>7 JC11Feb2019Run009.xlsx     <tibble [4 x 10]>
>8 JC12Feb2019Run011.xlsx     <tibble [4 x 10]>
>9 JC12Feb2019Run012.xlsx     <tibble [4 x 10]>
>10 JC13Feb2019Run015 (2).xlsx <tibble [4 x 10]>
># ... with 26 more rows

после unnest (данные)

> unnest(data)
Error: Column `CON` can't be coverted from numeric to character

после str (данные) : 

..$ :Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':  4 obs. of  10 
variables:
.. ..$ Sample   : chr  "LQC-1" NA "LQC-2" NA
.. ..$ Wells    : chr  "H3" "H4" "C9" "C10"
.. ..$ NOM pg/mL: num  50 NA 50 NA
.. ..$ SIGNAL   : num  256 257 314 213
.. ..$ CON      : num  98.8 99.1 112.5 87.7
.. ..$ XCON     : num  99 NA 100 NA
.. ..$ SDCON    : num  0.18 NA 17.5 NA
.. ..$ CVCON    : num  0.2 NA 17.5 NA
.. ..$ %REC     : num  198 NA 200 NA
.. ..$ STATUS   : chr  "FAIL" NA "FAIL" NA
..$ :Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':  4 obs. of  10 
variables:
.. ..$ Sample   : chr  "LQC-1" NA "LQC-2" NA
.. ..$ Wells    : chr  "H3" "H4" "C9" "C10"
 . ..$ NOM pg/mL: num  50 NA 50 NA
.. ..$ SIGNAL   : num  878 314 9 222
.. ..$ CON      : chr  "132.69999999999999" "48.68" "Range?" 
"34.979999999999997"
.. ..$ XCON     : num  90.7 NA 35 NA
.. ..$ SDCON    : num  59.4 NA 0 NA
.. ..$ CVCON    : num  65.5 NA 0 NA
.. ..$ %REC     : num  181 NA 70 NA
.. ..$ STATUS   : chr  "FAIL" NA "PASS" NA

показывает, что столбец CON равен num, в 36 столбцах, в то время как в одном столбце есть chr .

1 Ответ

0 голосов
/ 07 апреля 2019

Используйте colClasses = 'character' в read_xlsx, и это должно работать.

или 

col_types = 'text'
...