Проблема в том, что на этой веб-странице есть две таблицы, и вы должны указать, какую из них вы хотите очистить. Давайте предположим, что вы хотите первый, который вы могли бы сделать что-то вроде:
read_html(url) %>%
html_nodes('table') %>%
`[[`(1) %>% ## extract first table
html_table(fill = TRUE)