После того, как я еще немного покопался в CLI Airflow, я обнаружил, что можно создавать / удалять новые соединения.Я добавил оператор bash после создания кластера EMR, чтобы добавить соединение с Airflow.
airflow connections --delete --conn_id aws_emr
airflow connections --add --conn_id aws_emr --conn_type SSH --conn_host publicDNS --conn_login username --conn_extra {"key_file":"file.pem"}