Проблема с компилятором Clang и gcc для установки конвейера MAJIQ - PullRequest
Новая
       23

Проблема с компилятором Clang и gcc для установки конвейера MAJIQ

0 голосов
/ 15 мая 2019

Я пытался установить программу сварки "MAJIQ".Я смог запустить его на Centos, но не смог установить на MAC OS.

Описание программы MAJIQ.

Перед установкой Для установки MAJIQ в вашей системе должна быть установлена ​​следующая библиотека lib / software.

Компилятор C ++ 11 с openMP.GCC включает это по умолчанию, но Clang может быть обновлен, чтобы включить их (Clang / OMP).MAJIQ / VOILA был протестирован для работы с GNU GCC> = 7.2, RedHat GCC> = 4.7.2.Библиотека HTSlib.Это библиотека C для чтения / записи данных высокопроизводительного секвенирования, разработанная организацией Samtools.Установка MAJIQ предполагает, что библиотека и ее заголовочные файлы находятся в расположениях Unix по умолчанию (/ usr / local / lib, / usr / local / include).Если это не так, можно указать подходящие местоположения, задав следующие переменные среды: 

$ export HTSLIB_LIBRARY_DIR=/path/to/htslib/lib
$ export HTSLIB_INCLUDE_DIR=/path/to/htslib/include

Установка Чтобы загрузить и установить MAJIQ / Voila, выполните следующие команды: 

$ python3 -m venv env
$ source env/bin/activate
$ pip install pip -U
$ pip install wheel setuptools -U
$ pip install cython numpy GitPython -U 
$ pip install git+https://bitbucket.org/biociphers/majiq_stable.git#egg=majiq

Если во время установки возникла ошибка, убедитесь, что вы устанавливаете эти пакеты с помощью Python 3 и установлена ​​текущая версия pip.Также проверьте, установлены ли у вас git, компилятор переменного тока (gcc, clang и т. Д.) И zlib.

Устранение неполадок

1) Я попробовал установить conda llvm, conda установить gcc или conda установить libgcc из https://github.com/velocyto-team/velocyto.py/issues/53

2) Также, попробовал заданным способом. 

brew install llvm

LDFLAGS="-L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib"

echo 'export PATH="/usr/local/opt/llvm/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/llvm/lib"

export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/llvm/include"

Ошибка в выводе 

In file included from /private/var/root/env/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1822:
    /private/var/root/env/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:17:2: warning: "Using deprecated NumPy API, disable it with "          "#define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-W#warnings]
    #warning "Using deprecated NumPy API, disable it with " \
     ^
    1 warning generated.
    g++ -bundle -undefined dynamic_lookup -arch x86_64 -g build/temp.macosx-10.9-x86_64-3.7/majiq/src/polyfitnb.o -o build/lib/majiq/src/polyfitnb.cpython-37m-darwin.so
    building 'majiq.src.build' extension
    creating build/temp.macosx-10.9-x86_64-3.7/majiq/src/internals
    gcc -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -arch x86_64 -g -I./majiq/src/internals -I./voila/c -Imajiq/src/internals -Ivoila/c -I/private/var/root/env/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/local/include -I/private/var/root/env/include -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m -c majiq/src/build.cpp -o build/temp.macosx-10.9-x86_64-3.7/majiq/src/build.o -fopenmp -DSCYTHE_COMPILE_DIRECT -DSCYTHE_PTHREAD
    clang: error: unsupported option '-fopenmp'
    error: command 'gcc' failed with exit status 1
    ----------------------------------------
ERROR: Command "/private/var/root/env/bin/python3 -u -c 'import setuptools, tokenize;__file__='"'"'/private/tmp/pip-install-8vjv35m9/majiq/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /private/tmp/pip-record-sfcn1usm/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /private/var/root/env/include/site/python3.7/majiq" failed with error code 1 in /private/tmp/pip-install-8vjv35m9/majiq/
...