Любой экземпляр Adobe Flash Player на странице HTML не сможет анализировать теги внутри самой страницы ... теги читаются браузером, который вызывает плагин, и поэтому браузер будет замечать VIDEO / AUDIO тэги, прежде чем у игрока будет возможность что-то изменить.
Но вы рассматривали некоторые подходы условной разметки / сценариев для определения возможностей браузера? Крок Камен сделал одну из первых больших попыток по этому вопросу, и я не уверен в других участниках в этой области прямо сейчас, но вот отправная точка:
http://camendesign.com/code/video_for_everybody
(Я не уверен насчет «всех сайтов Flash» в целом, потому что Flash обычно используется в HTML, но «весь сайт HTML5» может показаться даже более шатким, по крайней мере на данном этапе. Ваше решение хотя.)