Невероятно, но я не смог найти это в StackOverflow, но погуглив некоторое время, я прибыл на эту страницу: https://dev.mysql.com/doc/workbench/en/wb-home.html
Под MySQL Connections мы читаем
Группы соединений . Вы также можете создавать группы соединений. Создайте группу, щелкнув соединение правой кнопкой мыши и выбрав пункт контекстного меню «Переместить в группу», или вы можете добавить префикс имени соединения к имени группы, разделенному косой чертой (например, «QA / TestBox») при создании или настроить соединение.
Таким образом, в основном изменив имя соединения с
MySystem Connection - Production
до
MySystem Connection/Production
он создал Групповую папку на главном экране.