Кажется, что команда kotlin, к сожалению, решила использовать один и тот же термин для организации набора вещей, которые собираются вместе.
«Настоящий» Java-модуль скорее определяет концепцию, которая определяет группирование классов во время выполнения внутри jvm! Это гораздо больший метод в архитектуре. Он предназначен для разбиения больших (r) приложений на компоненты со сложной системой для обработки зависимостей между этими компонентами.
Другими словами: одно и то же слово, но два разных значения, которые на самом деле не связаны друг с другом. С этой точки зрения, вы должны глубоко изучить обе концепции, чтобы понять, где каждая из них применима.
С этой точки зрения: если вы программист Kotlin и планируете развернуть большое приложение, которое будет работать на Java9 (или более новой) JVM, то вы определенно хотите убедиться, что ваши результаты сгруппированы в разумные «модули Java». В противном случае, если вы занимаетесь простой разработкой Kotlin, без особых требований к среде исполнения, вы, вероятно, в основном (только) беспокоитесь о «модулях Kotlin».