Я знаю, что это не совсем то, что вы ищете, но вы можете установить псевдоним в вашем ~ / .bash_profile что-то вроде:
alias s3_cp=`aws s3 cp --exclude "yadda, yadda, yadda"`
Это, по крайней мере, уменьшит необходимость каждый раз печатать их, даже если это не краткий файл.
Редактировать: вот ссылка, которая показывает, что не похоже, что базовый конфигурационный файл поддерживает то, что вы ищете. https://docs.aws.amazon.com/cli/latest/topic/s3-config.html