Вы не можете просто склеить разделы файла PE или ELF и ожидать получения рабочего исполняемого файла, поскольку требуется больше информации, а именно количество заголовков, описывающих эти разделы и другие важные вещи.
Во всяком случае, я не уверен, почему вы имеете дело с этим в первую очередь.zip.exe прекрасно скачивает с этой страницы.Я не вижу причин ломать его только для того, чтобы потом не починить.