Вы можете использовать np.add.at
для добавления на месте в указанных координатах:
vm_map = np.zeros((100,100))
a = np.array([[0,1], [10,10], [40,40], [40,40]])
np.add.at(vm_map, tuple(zip(*a)), [1,.5,.3, .2])
print(vm_map)
array([[0., 1., 0., ..., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
...,
[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.]])