Контрольные точки для Job Bookmark сохраняются с помощью transformation_ctx, а обновленные контрольные точки фиксируются, когда из скрипта запускается команда job.commit().
Поскольку запуск задания с помощью триггера или вручную приводит к вызову одного и того же действия API (StartJobRun), и при этих запусках заданий фактически выполняется один и тот же код, каждый новый прогон задания будет знать об обновлении закладки из предыдущего запуска,