Как использовать atexit в Cython? - PullRequest
Новая
       18

Как использовать atexit в Cython?

0 голосов
/ 19 апреля 2019

Я пытаюсь сделать следующий код в Cython для компиляции 

from cython_gsl cimport *

import atexit

cdef gsl_rng_type * rng_T = gsl_rng_default
cdef gsl_rng * rng_r

gsl_rng_env_setup()
rng_r = gsl_rng_alloc(rng_T)

@atexit.register
def free_gsl_rng():
    gsl_rng_free(rng_r)

Но я всегда получаю ошибку

Присвоение ненулевому 'atexit'

Соответствующий файл .pxd 

from cython_gsl cimport *

cdef gsl_rng * rng_r

Я на самом деле собираю это с помощью SageMath 8.7 

sage setup.py build_ext --inplace

Вот мой setup.py 

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
from Cython.Build import cythonize
import cython_gsl

extensions = [
        Extension("gsl_rand", ["gsl_rand.pyx"],
            libraries=cython_gsl.get_libraries(),
            library_dirs=[cython_gsl.get_library_dir()],
            include_dirs=[cython_gsl.get_cython_include_dir()]
            ),
        ]

setup(
        name='Simulation of k-cut on conditional Galton-Watson trees',
        cmdclass={'build_ext': build_ext},
        include_dirs = [cython_gsl.get_include()],
        ext_modules=cythonize(extensions),
        )

Full error log here

sage setup.py build_ext --inplace
Compiling gsl_rand.pyx because it changed.
[1/1] Cythonizing gsl_rand.pyx
/home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/Cython/Compiler/Main.py:367: FutureWarning: Cython directive 'language_level' not set, using 2 for now (Py2). This will change in a later release! File: /home/xing/Dropbox/Research/2017/k-cut/GW/sage/moments/cython-v5/gsl_rand.pxd
  tree = Parsing.p_module(s, pxd, full_module_name)
warning: /home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/cython_gsl/gsl_integration.pxd:65:9: 'GSL_EMAXITER' redeclared 
warning: /home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/cython_gsl/gsl_integration.pxd:67:9: 'GSL_EROUND' redeclared 
warning: /home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/cython_gsl/gsl_integration.pxd:69:9: 'GSL_ESING' redeclared 
warning: /home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/cython_gsl/gsl_integration.pxd:71:9: 'GSL_EDIVERGE' redeclared 
warning: gsl_rand.pyx:14:0: Overriding cdef method with def method.

Error compiling Cython file:
------------------------------------------------------------
...
# cython: profile=False

from cython_gsl cimport *

import atexit
      ^
------------------------------------------------------------

gsl_rand.pyx:5:7: Assignment to non-lvalue 'atexit'

Error compiling Cython file:
------------------------------------------------------------
...
cdef gsl_rng * rng_r

gsl_rng_env_setup()
rng_r = gsl_rng_alloc(rng_T)

@atexit.register
^
------------------------------------------------------------

gsl_rand.pyx:13:0: Object of type 'int (void (*)(void) nogil) nogil' has no attribute 'register'
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 29, in <module>
    ext_modules=cythonize(extensions),
  File "/home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/Cython/Build/Dependencies.py", line 1097, in cythonize
    cythonize_one(*args)
  File "/home/xing/Downloads/software/sage/8.7/local/lib/python2.7/site-packages/Cython/Build/Dependencies.py", line 1220, in cythonize_one
    raise CompileError(None, pyx_file)
Cython.Compiler.Errors.CompileError: gsl_rand.pyx

1 Ответ

0 голосов
/ 22 апреля 2019

atexit импортируется с from cython_gsl cimport *.Похоже, это происходит со строкой from libc.stdlib cimport *.Поэтому это имя конфликтует с модулем Python atexit.Я думаю, что это хороший пример того, почему from something [c]import * не рекомендуется , как в вашем коде, так и в коде cython_gsl.Это становится немного более запутанным, потому что у Cython есть два типа имен (для Python и C), поэтому вы получаете странные сообщения об ошибках.

Лучшее решение - либо сделать cimport cython_gsl, либо импортировать нужные вам символы:from cython_gsl cimport gsl_rng, etc.Не забудьте изменить и файл pyx, и файл pxd.

Худшее решение - переименовать модуль atexit при его импорте: import atexit as ae.

...