Запрос должен иметь одинаковую скорость в phpmyadmin, иначе приложение пытается использовать оператор объяснения, чтобы увидеть более подробную информацию о запросе
Причиной этого конфликта может быть множество причин, отличных от MySQL, например
Сам скрипт php имеет некоторые функции, которые вызывают медленную загрузку
Попробуйте проверить сервер error.log, возможно, есть ошибки в функциях
По сути, phpmyadmin может отличаться от larval в функции подключения MySQL. Попробуйте проверить расширение, используемое в подключении. Возможно, оно несовместимо с используемой версией php, и я думаю, что это причина медленного запроса
Я заметил, что в некоторых приложениях, которые я сделал, причина была всегда в функциях php или в соединении, как, например, mysql_connect был намного быстрее, чем расширение PDO на php <5.6, но причина всегда была из функций php в сценарий </p>