Пара проблем:
1) Синтаксическая ошибка в первой строке. Ваши цитаты неуместны. Должно быть:
$action = "Action - [N]ew, [U]pdate, or [D]elete : N";
2) Вам необходимо избегать квадратных скобок ([
и ]
) в регулярных выражениях Кроме того, вы можете сделать:
$line = preg_replace("/N$/", "U", $action);
Итак, объединяя их:
$action = "Action - [N]ew, [U]pdate, or [D]elete : N";
$line = preg_replace("/N$/", "U", $action);