Ознакомьтесь с платформой Smart Device Framework, она предоставляет порт фонового рабочего для .NET Compact Framework. Это может дать вам некоторые альтернативы для других частей кода, на которые вы портируете:
https://github.com/ctacke/sdf
Отсутствует библиотека SQL Server, на которую трудно ответить без подробностей, но вам нужно будет решить, как вы хотите получить доступ к данным. Будет ли локальная база данных, или вам нужно будет получать данные из базы данных SQL Server через какой-либо тип службы?
SQL Server Compact и SQLite - популярные базы данных, используемые в Windows CE, так что это некоторые варианты, если вам нужно создать какую-то локальную базу данных.