Возможно, вам придется вручную отредактировать файл csproj. В проводнике Windows перейдите в каталог и щелкните правой кнопкой мыши, чтобы отредактировать csproj (что-то вроде notepad ++ работает очень хорошо). Затем найдите раздел ItemGroup, который содержит все элементы. Добавьте новый с помощью вашей папки \ controller.cs. Сохраните изменения. Вам нужно будет перезагрузить проект в VS (если он у вас открыт), чтобы увидеть изменения.
<ItemGroup>
<!--Other compile includes-->
<Compile Include="MissingArea\XController.cs"/>
</ItemGroup>