У вас есть проблемы с загрузкой или анализом заголовка? если он загружается, используйте этот код:
URL url = new URL(fileUrl);
InputStream dis = url.openStream();
byte[] header = new byte[HEADER_SIZE];
dis.read(header);
Вы можете заключить InputStream в DataInputStream, если хотите читать целые числа, а не байты.
После этого просто посмотрите на метод getInfo из PHP-FLV Info или прочитайте спецификацию.