Я ничего не знаю о Nutch, но, глядя на вики, не похоже, что ваш плагин будет зависеть от каких-либо частей исходного кода. Плагин, кажется, в значительной степени автономный. Я предполагаю, что они рекомендуют вам положить его туда, чтобы он был включен вместе с остальной частью проекта при сборке.
Вы пытались создать плагин из шага Необходимые файлы и далее, а затем взяли свой встроенный плагин и поместили его там, где ожидает Натч? (вам, возможно, придется создать плагин hello world, чтобы увидеть, где это)