Я могу только представить, что erb
либо хочет "искать" файл (который не является подстановкой процесса), либо он смотрит на расширение файла, что кажется маловероятным, если он не имеет своего происхождения в Windows.
Следующие (не проверенные) могут обойти обе эти проблемы или, по крайней мере, дать вам представление о том, как:
erb -r $( f=/tmp/$$.rb; sed 's/something/else/' .env.rb > $f; echo $f ) config.erb