Ошибка: Биоструны не доступны для R 3.5.3

Question

Я много раз пытался загрузить набор данных из Github, используя

> devtools::install_github("crarlus/paprbag")

Я сделал это во время работы R 3.4.4. Ошибка заключалась в том, что> Biostrings не было доступно для этой версии R. Затем, следуя другому сообщению о переполнении стека, я установил новую версию R 3.5.3. Но я все еще получаю то же сообщение об ошибке:

> devtools::install_github("crarlus/paprbag")
Downloading GitHub repo crarlus/paprbag@master
Skipping 1 packages not available: Biostrings
Installing 12 packages: ade4, Biostrings, data.table, doParallel, foreach, iterators, ranger, RcppEigen, segmented, seqinr, stringi, stringr
Installing packages into ‘/home/ibraim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error: (converted from warning) package ‘Biostrings’ is not available (for R version 3.5.3)

Есть ли у вас идеи, как решить эту проблему? Большое спасибо.

Answer 1

Пакет Biostrings не на CRAN, а на Биокондуктор . Для его установки необходимо использовать:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biostrings")