У меня была эта проблема несколько раз назад (ну, не совсем то же самое, но похоже, что это та же самая основная причина), и решение, которое я нашел, состояло в том, чтобы заставить элемент повторно выполнить рендеринг при изменении размера окна.
Полимер фиксирует некоторые значения абсолютной позиции при рендеринге, и некоторые элементы ломаются при изменении области просмотра без запуска повторного рендеринга.
Если вам это нужно, я постараюсь найти точный фрагмент кода,но просто слушайте изменение размера и вызывайте this.render из списка железа.