Я бы предположил, что что-то вроде base64 не будет считаться шифрованием, поскольку это известный алгоритм кодирования и не имеет ничего общего с шифрованием. Кодировка Base64 используется для множества разных вещей, включая кодирование в электронной почте. Я не понимаю, как кто-то может интерпретировать это как шифрование.
Но с другой стороны, Apple отклонила приложения по довольно странным причинам, поэтому, если вы можете четко сообщить им, что вы используете base64 для кодирования данных, то, вероятно, безопаснее сделать это заранее, так что вы можете сказать, что они знали все это время.