Где $ GIT_DIR - это путь к папке, в которой нужно искать (путь к git-репо), выполните в терминале следующее.
find $GIT_DIR -name *.git* -ok rm -Rf {} \;
Это будет рекурсивно искать любые каталоги или файлы, содержащие ".git" в имени файла / каталога в пределах указанного каталога Git. Это будет включать файлы .git / и .gitignore и любые другие активы, подобные git. Команда является интерактивной и спросит перед удалением. Чтобы продолжить удаление, просто введите y, затем Enter.