Проблема в том, что программа заканчивается и закрывает окно.Вы должны создать своего рода игровой цикл, чтобы окно оставалось открытым.Легко исправить - использовать бесконечный цикл while
после последней строки.
import pygame
pygame.init()
win = pygame.display.set_mode((500,500))
while True:
pass