Разреженное матричное умножение над искрой - PullRequest
Новая
       11

Разреженное матричное умножение над искрой

1 голос
/ 07 апреля 2019

Проблема

Я хотел бы эффективно умножить 2 разреженных матрицы в инфраструктуре Spark в предположении, что обе матрицы могут поместиться в память.

Майский подход

Вначале, для получения сопоставимой базовой линии, я взял кадр данных с ~ 100 000 разреженных векторов и выполнил тривиальное внутреннее умножение на одной машине (преобразовав scipyматрица csr , разбивая на партии и умножая последовательно все партии).Общее время работы, которое я получил, составило 5 минут.

Затем я реализовал алгоритм, полностью основанный на уменьшении карты, по сравнению с искрой, используя CoordinateMatrix, как объяснено здесь , и получил действительно плохую производительность - более 50минут (!) для всего умножения: 

def coordinate_matrix_mul(mat_left, mat_right):
    mat_left_cols = mat_left.entries.map(lambda entry: (entry.j, (entry.i, entry.value)))
    mat_right_rows = mat_right.entries.map(lambda entry: (entry.i, (entry.j, entry.value)))

    product_entries = mat_left_cols.join(mat_right_rows)\
                .map(lambda pair: ((pair[1][0][0], pair[1][1][0]), pair[1][0][1]*pair[1][1][1]))\
                .reduceByKey(lambda x,y: x+y)\
                .map(lambda cell: MatrixEntry(cell[0][0], cell[0][1], cell[1])) 

    return CoordinateMatrix(product_entries)

Мой последний подход состоял в том, чтобы предпринять мою первую наивную попытку (в которой не использовалась искра со временем выполнения 5 минут) и распараллелить умножение партий наследующие шаги:

  • широковещательная рассылка левой и правой матрицы рабочим.
  • параллельно партии указывают в виде [(from_row, to_row), ...] левогоМатрица в rdd.
  • сопоставление показателей партии и одновременное выполнение умножения.

Однако я получил наихудшее время работы между всеми описанными выше методами - более 60 минут.

Я попытался изменить размер пакета и проверил, не хватает ли памяти, что приводит к перестановке и обмолоту, но это не так.

ЛюбойУ кого-то есть идея, что мне не хватает?

Заранее спасибо.

...