Проблема, с которой вы сталкиваетесь, связана, главным образом, с тем, что вы устанавливаете пакеты с помощью pip3, и они хранятся в пакетах сайта на собственном python3.
Вы запускаете код с питоном, который поставляется с анакондой. Самый простой способ решить эту проблему - установить gdal с помощью conda.
conda install -c conda-forge gdal