Как ответил CodeToGlory, XNode.DeepEquals () может соответствовать вашему счету, проверьте раздел примечаний на странице MSDN.
Если вы застряли с XmlDocument (вместо XDocument), ответ таков: нет, не существует простого (существующего способа) сделать это. XmlNode не переопределяет Equals () и не предоставляет альтернативы. Но это не невозможно написать, и тот же раздел Замечания можно использовать в качестве отправной точки для алгоритма обхода дерева.
Сначала получите четкое представление о ваших требованиях, касающихся атрибутов, комментариев, узлов CDATA и т. Д.